Struktur Organisasi STMIK Indonesia dirancang dengan semangat kemandirian perguruan tinggi yang dikelola secara professional, transparan, akuntabel dan memenuhi prinsip-prinsip Good University Governance, sehingga diharapkan terjadi sinergi hubungan antar fungsi-fungsi yang ada serta memperjelas wewenang dan tanggung jawabnya dalam pencapaian sasaran organisasi
| Unsur Pimpinan | |
| – Ketua STMIK-INDONESIA | : Djoko Harsono, S.Kom, MM, M.Kom |
| – Wakil Ketua Bidang Akademik | : Ismail, S.Kom, M.Kom |
| – Wakil Ketua Non Akademik | : Darmawan Subuh, S.Kom, MM |
| Operasional Akademik | |
| – Ketua Prodi Sistem Informasi | : Albaar Rubhasy, S.Si, MTI |
| – Sekretaris Prodi Sistem Informasi | : Ratih Widayanti Kosaman, S.Kom, M.Kom |
| – Ketua Prodi Sistem Komputer | : Ir. M. Thamrin Basri, MM |
| – Sekretaris Prodi Sistem Komputer | : Ferdy Gitawan, S.Kom, M.Msi |
| – Ketua Penjaminan Mutu Pengajaran | : Anita Ratnasari, S.Kom, M.Kom |
| – Kepala Administrasi Akademik | : Edy Suhendi, S.Kom |
| – Kepala Perpustakaan | : Ricki Hendriyana S.Hum |
| Operasional Non Akademik | |
| – Kepala Bagian Keuangan | : Rini Sulistiyowati, SE, M.Akt |
| – Kepala Bagian Adm. Umum & IT | : Dedy Aridarma, S.Kom, M.Kom |
| – Kepala Bagian Perlengkapan dan Otorita Kampus | : M. Iqbal, S.Kom |
| – Kerjasama & Penerimaan Mahasiswa Baru | : Lilis Suryani, AMd |
| Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat | |
| – Kepala LPPM | : Syam Gunawan, S.Kom, M.Kom |
| – Sub Bag Penelitian | : Khasanah, S.Kom, M.Kom |
| – Sub Bag. Pengabdian Masyarakat | : Yefrie MC Liu, Ir, MM |